算法设计与分析 —— 6-6 RNA二级结构预测

Ufold提出了一种将rna序列也就是一级结构通过操作生成二维图像的表示形式，然后通过全卷积神经网络Unet进行处理。可以实现预测包含假结在内的rna二级结构。

在生物学研究领域，传统基于分子、细胞、生理学等传统实验方法很依赖于不断的试错和积累，不仅耗资巨大，周期往往也很长。随着人工智能时代的到来，深度学习、大数据等创新手段，为生物学研究打开了另一...

北大公开课——屈婉玲教授《算法设计与分析》课程简记

摘要：人工智能取得成果斐然，但是现阶段的人工智能体还远未达到接近人类心智的水平。在面对复杂环境下，计算体系中的人工智能水平有限，无法发挥其特点。智能是一个复杂系统，在追求算力与算法实现人工...

动态规划 一、带权的区间调度（一个递归过程） 1.问题：有n个需求，每个需求有一个开始时间s和一个结束时间fi，每个区间i还有一个值（或者权）vi

基于PaddleHelix完成RNA结构预测竞赛的前置基础知识一、化学与遗传学——从孟德尔的豌豆说起显性基因与隐性基因弱化学键弱键和强键决定大分子的结构核酸承载遗传信息——肺炎双球菌的转化实验二、RNA——初识核糖核酸RNA的结构特征RNA与DNA的不同之处RNA的生物学功能RNA的结构基础——碱基碱基的配对——一个碱基只能与另一个碱基配对RNA的表示结构三、RNA的二级结构——RNA链自身折叠形成类似A-DNA的局部双螺旋假结Stem Loops (Hairpins)Bulge LoopsInterior

文章目录i. 前言a. non-coding RNA（ncRNA）简介b. 非编码RNA发展ii. miRNA与靶基因a. 非编码RNA的概念和分类b. microRNA的概念c. microRNA的发现d. miRNA的生物合成e. miRNA一般特点\---miRNA家族/簇i. 物理位置特点ii. 序列特点iii. 表达特点iv. 保守性特点f. miRNA作用机制g. miRNA识别（基于测序数据）h. miRNA的功能i. miRNA与发育ii. miRNA与病毒iii. miRNA与神经系统功能

点击左上方蓝字关注我们由百度飞桨举办的螺旋桨RNA结构预测竞赛圆满结束。本次竞赛依托百度研究院在RNA结构预测上的算法优势和百度大脑AI Studio平台优势，汇聚生物计算、人工智能领域从...

采用的数据是CT文件切割后形成的CSV文件，储存在 SOURCE_PATH = "split_ct_output"文件夹下 ，使用focal loss作为损失函数。结果不是很理想 Epoch 1/20 36/883 [>.............................] - ETA: 20:38 - loss: nan - accuracy: 0.9957 loss产生了nan，accuracy又过于高。 查找原因有文章说是focal loss时有标签使得log(0)...

RNA二级结构预测系列：基础篇1. RNA的结构1.1 DNA-RNA-蛋白质1.2 RNA的三级结构2. RNA二级结构的常见表示方法2.1 CT (Connectivity Table) 文件表示法2.2 点括号(Dot Bracket)法2.3 平面图与matrix representations（矩阵表示）参考文献 1. RNA的结构 1.1 DNA-RNA-蛋白质 1.2 RNA的三级结构 RNA序列由四种碱基组成，分别是腺嘌呤，胞嘧啶，鸟嘌呤和尿嘧啶。 这四种碱基组成的序列就是RNA序列，也

核糖核酸 RNA (Ribonucleic acid) 是细胞结构的生物体遗传信息发挥作用的中间载体，从而在生命研究和应用中具有重要意义。RNA 的功能与其结构密切相关，许多功能的实现都需要借助其结构的改变来实现。 1、RNA 物理结构 核糖核酸（RNA，Ribonucleic Acid），一种在真核生物的细胞核、细胞质、线粒体以及病毒中发现的遗传信息载体，在遗传、调控和基因表达等过程中发挥着重要...

文章目录成功 VARNA （基于Java的jar）失败的尝试 - RChie/R4RNA其他包 arc-diagrams 成功 VARNA （基于Java的jar） 官方下载VARNA 的jar包 安装 java running，即 jre 然后选这个文件夹下/bin/java.exe 打开jar上述jar包即可显示窗口 GUI上只能显示这一种图，命令行不指定输出目录，即 -o 参数，则也可以打开GUI显示，但是指定算法的命令不起作用 查看相关命令 四种二级结构展示形式，直接输出到文件打开

Biostrings是Bioconductor中的一个R包，专门用于处理生物序列数据，包括DNA、RNA和蛋白质序列。Biostrings提供了一系列功能，使得在R语言中处理RNA序列数据变得非常简便。Biostrings提供了丰富的功能，包括序列读取、基本操作、搜索、可视化以及RNA结构预测等，为生物学数据分析提供了强大的工具。注意：本教程将介绍如何使用Biostrings包在R语言中处理生物序列数据RNA。我们将涵盖从序列读取、序列操作、序列搜索、序列可视化以及RNA结构预测等方面。

近年来的研究表明，功能性非编码RNA（ncRNA）在转录调控和指导修饰等方面发挥着重要作用，参与从发育到细胞分化等多种生物过程，其功能缺陷与多种疾病有关1.众所周知，ncRNA 的功能与其结构而非一级序列密切相关，因此发现 ncRNA 的结构可以阐明 ncRNA 的功能。然而，由于实验成本高且RNA测量的分辨率限制，通过核磁共振和X射线晶体结构分析等实验测定来确定RNA三级结构存在很大困难。尽管近年来冷冻电镜研究在RNA三级结构测定方面取得了相当大的进展2，但这些局限性尚未完全克服。