搜索
取消
清空记录
历史记录
清空记录
历史记录
网站标题
技术干货|MeRIP-qPCR方法及应用细谈
m6A等RNA修饰的主要研究手段是通过MeRIP方法对发生修饰的片段进行富集，其后进行高通量测序分析修饰位点。而无论是一篇*展示修饰位点分布特点的谱学文章，还是深入研究修饰调控基因表达机制的文章，在高通量测序这一步之后，通常都需要对筛选出来的部分修饰位点进行低通量的MeRIP-qPCR验证。这个实验说来简单却必不可少，对于刚刚接触RNA修饰研究的小伙伴来说，可能会对MeRIP-qPCR的方法原理、结果含义、展示方法等有一些疑问，而看文章中又常常是几句话带过，无法解答心中的困惑，看过仍然对自己手里的数字一头雾水。这次我们就在这里详细谈一谈MeRIP-qPCR相关问题。
m6A等RNA修饰的主要研究手段是通过MeRIP方法对发生修饰的片段进行富集，其后进行高通量测序分析修饰位点。而无论是一篇*展示修饰位点分布特点的谱学文章，还是深入研究修饰调控基因表达机制的文章，在高通量测序这一步之后，通常都需要对筛选出来的部分修饰位点进行低通量的MeRIP-qPCR验证。这个实验说来简单却必不可少，对于刚刚接触RNA修饰研究的小伙伴来说，可能会对MeRIP-qPCR的方法原理、结果含义、展示方法等有一些疑问，而看文章中又常常是几句话带过，无法解答心中的困惑，看过仍然对自己手里的数字一头雾水。这次我们就在这里详细谈一谈MeRIP-qPCR相关问题。
1.MeRIP-qPCR的目的是什么？
首先我们需要明确的是，MeRIP-qPCR的目的是验证某个目标基因上的某个修饰位点（以一小段区域的形式，MeRIP法精确不到单碱基）的修饰水平。
得到的结果往往是一个%（IP/Input）的数值，它体现的是该位点的修饰水平（可以大致理解为：这个转录本表达了很多条，其中百分之多少是这个位点有修饰的？）需要与普通qPCR验证基因表达水平（可以大致理解为：这个转录本表达了多少条？）的目的区分开。
2.MeRIP-qPCR的实验方法？
MeRIP-qPCR就是MeRIP实验后进行一个qPCR。
这里的MeRIP实验同MeRIP-seq测序中的其实相同：对RNA进行片段化。然后每个样品一分为二，一部分片段用针对该修饰的特异性抗体与RN**段进行免疫共沉淀(IP)，留为IP样品，另一部分不进行IP直接留作Input样品。之后对两部分RN**段分别进行逆转录和qPCR。如果是测序，就是在这里把紧接的qPCR改为接建库测序。
3.MeRIP-qPCR引物如何设计？
由于目的是定量位点的修饰水平，因此MeRIP-qPCR的引物不*是针对目标基因，还要是针对其上的那个修饰位点（区域）。这个位点信息可以从：
（1）MeRIP-seq的测序结果中筛选得来
通常是一段位置坐标，比如云序生物提供的MeRIP-seq结果，某个甲基化峰位置如：chr1:111234-111567。有了这个位置信息，可以去UCSC genome browser网站:
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway选对应的基因组版本获取这段序列。
（2）网站预测得到
如果没有测序，想先通过MeRIP-qPCR看看关注的某基因上是否可能存在修饰，就只能预测一下发生修饰概率高的区域位置。通常这些网站是基于研究公认的该种修饰motif序列等进行预测，需要将目标RNA的序列输入，可生成预测结果。
m6A RNA甲基化预测网站：
http://www.cuilab.cn/sramp/
m5C RNA甲基化预测网站：
http://www.rnanut.net/rnam5cfinder/
4.MeRIP-qPCR为什么没有内参基因？
（1）MeRIP-qPCR不需要内参来进行样本间的均一化矫正
从结果的形式%（IP/Input）我们也可以看到，这个实验侧重看修饰的片段（IP样品qPCR结果）占总片段（Input样品qPCR结果）的比例，实验目的只是要得到这两者的比值就体现修饰水平，因此MeRIP-qPCR不涉及到普通的相对定量qPCR需要的内参：
内参是衡量不同样品间表达量时用来均一化样品的，比如默认***DH在你的各个样本之间表达量应当相同，qPCR结果样品A中目的基因表达量1，***DH表达量10；样品B中目的基因表达量1.5，***DH表达量15，那么不能说因为1<1.5所以就说A样品目的基因表达量低，因为从***DH来看可能只是实验某环节中A样品的量整体少了一些而已。而是要看A中目的基因表达量是***DH的0.1倍，B也是0.1倍，两样品中目的基因表达量其实无差别。
换做MeRIP-qPCR中，如果针对目的基因目的位点qPCR，样品A的IP结果0.2，Input结果1；样品B的IP结果0.3，Input结果1.5，我们的%（IP/Input）结果显示两个样品甲基化水平数值都是0.2，修饰水平无差异，到此就完成了目的。
有人问那没有做内参，万一发生如上段提到的样品用量等环节有差异，会不会影响修饰水平的比较？显然，如果两个样品本来修饰水平相同，那么夸张地想，即使B样品用量由于手抖加了A的10倍，qPCR结果也会IP和Input信号都增长10倍，不影响这个比值即修饰水平。
（2）没有公认在不同样品中修饰水平都会稳定的基因可做参照
前面第1点主要从多个样品比较的角度解释了MeRIP-qPCR为何不需要内参基因。
而有时出现以下情况：1）没有分组对比，只想看下这一个（组）样品中该基因算不算有修饰，此时有个疑问：结果的%（IP/Input）达到多少可算作有修饰？——回答是目前没有一个定值。那么此时难免会希望能有个已知有修饰的参考基因，我们的目的基因如果水平接近或者超过就算有修饰。2）想看看MeRIP实验体系有没有问题，做个已知有修饰的基因当阳性对照看看效果。然而RNA修饰是一个动态的可逆的酶促反应，在同个组织细胞中的水平可能都会随着环境千变万化，不同组织中更是差别很大，与普通qPCR检测基因表达时能找到稳定表达的看家基因不同，MeRIP-qPCR没有一个稳定修饰的基因做参照，目前RNA修饰文章也都不要求有这种参照。
针对上述目的1），可以同时多做一个非特异性IgG抗体的免疫沉淀富集，对比样品本身的IP和IgG是否有**差异，放在文章中作为该位点有一定程度的修饰的证据。
针对目的2），也可做IgG对照检测体系的特异性。除此之外，云序生物代理的 GenSeq m6A MeRIP试剂盒中除了提供了IgG抗体，还提供了一对m6A的阳参和一对阴参引物，是根据文献报道的，靶向 HEK293 细胞中 m6A 修饰的某段 RNA 区域（Positive Primers）和无 m6A 修饰的某段 RNA 区域（Negative Primers）， 供有条件且感兴趣的用户验证实验效率和抗体特异性。但如前面所说，m6A 修饰具有很强的细胞类型特异性，无法保证在任何细胞系或样品中，该引物都能作为很好的参照。因此，建议想对实验体系进行进一步自验证的用户，采用 HEK293 细胞的 RNA 进行验证实验。
5.MeRIP-qPCR不能看出基因表达量？
有人想：Input样品又没经过IP，qPCR操作不就与普通qPCR没什么差别，那么做了MeRIP-qPCR，不能得到基因表达量的结果吗？比如前面MeRIP-qPCR例子中A和B样品Input分别是1和1.5的结果可以用来看一下这个基因在两样品中的表达量有没有差异？——我们不知道，因为没有***DH等内参基因来计算，要看表达量的话就不知道1和1.5的差异是否是如前一段那样由于用量差异等因素带来的了。因此通常说起MeRIP-qPCR，结果不能用来体现基因表达量。
那如果在MeRIP-qPCR步骤中直接多扩增一个***DH基因，与目的基因Input联合在一起定量表达量是否可行？我们只能说可以参考，不过由于MeRIP实验是有片段化这一步骤的，PCR信号会弱一些，对于验证表达量的目的来说还是推荐采用常规的qPCR步骤会更准确、风险更小。
6.IP/Input/IgG傻傻分不清：我需要做哪些、如何展示？
前面1.和2.两个环节谈到过，IP是用该修饰的特异性抗体，通过免疫共沉淀富集带修饰的片段，Input是不进行富集的所有片段，这两个是MeRIP-qPCR必做的，每个样品分别做了这两部分的PCR结果合起来计算才能体现修饰水平，达到实验的目的。而IgG如4（2）提到，是用非特异性抗体，通过免疫共沉淀富集非特异性结合的片段，作为对IP的对照，证明IP的信号不是源自抗体非特异性和，而是确实是针对发生修饰的片段。IgG可以选做。MeRIP-qPCR结果通常用柱状图展示即可，常见的如以下3种情况：
（1）只做IP和Input：展示%（IP/Input）值
如果有两组样品，展示一个目的基因在两组的修饰水平。或者一组样品，展示多个基因的修饰水平差异，可以只做IP和Input，展示%（IP/Input）值。[1][2]
（2）做IP、IgG和Input：展示%（IP/Input）值、%（IgG/Input）值
如果为了严谨的证明实验体系没有问题，或者验证指标只有一个分组/一个基因但需要一个对照，可以同时多做一个IgG，结果展示%（IP/Input）和%（IgG/Input）两个柱子对照。[5][6]
（3）做IP、IgG和Input：展示Fold enrichment值（%（IP/Input）和%（IgG/Input）的比值）
如果做了IgG对照，还可以选择用Fold Enrichment来展示，富集倍数%(IP/Input)/%( IgG/Input)，即IP比对照的IgG信号高多少倍，也可以用来体现修饰的水平。通常是分组和基因都是多个时不想一一单独展示IgG。[7]
*以上图参考文献：
[1] Liu, L. , Wang, J. , Sun, G. , Wu, Q. , & Pan, Q. . (2019). M6a mrna methylation regulates ctnnb1 to promote the proliferation of hepatoblastoma. Molecular Cancer, 18(1). [2] Tong, J. , Wang, X. , Liu, Y. , Ren, X. , Wang, A. , & Chen, Z. , et al. Pooled crispr screening identifies m 6 a as a positive regulator of macrophage activation. Science advances, 7(18), eabd4742. [3] Yin, H. , Zhang, X. , Yang, P. , Zhang, X. , & Zhang, R. . (2021). Rna m6a methylation orchestrates cancer growth and metastasis via macrophage reprogramming. Nature Communications, 12(1). [4] Yang, X. , Shao, F. , D Guo, Wang, W. , & Lu, Z. . (2021). Wnt/β-catenin-suppressed fto expression increases m6a of c-myc mrna to promote tumor cell glycolysis and tumorigenesis. Cell Death & Disease, 12(5). [5] Wang, W. , Shao, F. , Yang, X. , Wang, J. , & Lu, Z. . (2021). METTL3 promotes tumour development by decreasing APC expression mediated by APC mRNA N6-methyladenosine-dependent YTHDF binding. Nature Communications. [6] Chen, C. , Liu, W. , Guo, J. , Y Liu, & Gao, S. . (2021). Nuclear m6a reader ythdc1 regulates the scaffold function of line1 rna in mouse escs and early embryos. Protein & Cell(7849). [7] Zhou, B. , Liu, C. , Xu, L. , Yuan, Y. , & Ma, X. . (2020). N 6 -methyladenosine reader protein ythdc2 suppresses liver steatosis via regulation of mrna stability of lipogenic genes. Hepatology.
7.MeRIP-qPCR结果的计算？
MeRIP-qPCR结果计算如下表:
*其中DF和IF分别是稀释倍数。是说一个样品，由于其中IP到的RNA量一定会比不IP直接保留的Input的RNA量少很多，IP和Input实际取来做逆转录+qPCR的模板稀释倍数不同，因此要把这个倍数考虑进去。比如15μg的片段化RNA经过IP后的RNA全部拿去做IP样品的qPCR实验得到Ct值A1, 另3μg的片段化RNA用来作为Input样品qPCR得到Ct值B1，则%(IP/Input)=2(B1-A1)*（3/15）*100。IgG/Input的计算也是同理。
云序生物m6A修饰研究五大模块
01 m6ARNA修饰测序
m6A RNA修饰测序（m6A-meRIP-seq）
对m6A RNA甲基化，目前流行的检测手段为m6A-Seq技术，适用于m6A RNA甲基化谱研究，快速筛选m6A RNA甲基化靶基因。云序可提供mRNA和多种非编码RNA的m6A测序：
● m6A 全转录组测序（涵盖mRNA，LncRNA，circRNA）
● m6A LncRNA测序（涵盖LncRNA和mRNA）
● m6A Pri-miRNA测序（涵盖Pri-miRNA和mRNA）
● m6A mRNA测序
● m6A miRNA测序
02 检测整体m6ARNA修饰水平
LC-MS/MS检测整体RNA修饰水平
**高效，可以实现一次检测，9类修饰水平检测，一步到位。
比色法检测整体RNA修饰水平
快速检测m6A整体甲基化水平
03 m6A RNA修饰上游酶的筛选
m6A RNA修饰相关酶PCR芯片
寻找上游直接调控m6A RNA甲基化的甲基转移酶。
04 m6A RNA修饰靶基因验证
meRIP-qPCR
云序提供各类不同修饰的meRIP-qPCR服务，可针对mRNA，lncRNA，环状RNA等不同类型的RNA分子进行检测，低通量验证RNA修饰靶基因表达水平。
05机制互作研究
5.1 RIP-seq/qPCR
筛选或验证RNA修饰直接靶点，研究RNA修饰靶基因的调控机制。
5.2 RNA pull down -MS/WB
筛选或验证目标RNA互作基因或蛋白，研究相应的分子调控机制。
5.3 双荧光素酶实验
验证两基因互作，研究相应的分子调控机制。
5.4 ChIP-seq
筛选或验证目标蛋白与DNA互作，研究相应的分子调控机制。
云序生物服务优势
优势一：发表10分以上文章*多的m6A RNA甲基化测序服务平台。云序已累计支持客户发表52+篇高水平文章，合计影响因子450分+，是国内支持发文*多、累计影响因子**的公司。
优势二：至今完成4000+例 m6A测序样本，**覆盖医口、农口等各类样本。
优势三：**检测mRNA和各类非编码RNA（circRNA，lncRNA，Pri-miRNA等）。
优势四：**提供m6A一站式服务： m6A整体水平检测、 m6A测序、MeRIP-qPCR验证、 RIP和 RNA pull-down等。
优势五：率先研发超 微量MeRIP测序技术，RNA量低至500ng起。
优势六：国内*全的RNA修饰测序平台，提供m6A、m5C、m1A、m7G、m3C、O8G、ac4C乙酰化和2'-O-甲基化测序。
云序客户RNA修饰部分文章列表
相关产品
GenSeq m6A MeRIP试剂盒 m1A RNA甲基化测序 m5C RNA甲基化测序 m7G （m3C）RNA 甲基化测序 2’-O-RNA氧化测序 ac4C乙酰化测序 o8G RNA氧化测序
往期回顾
m6A项目文章|ALKBH5通过调控WNT5A稳定性促进缺血后血管生成 3-5月 m6A RNA甲基化影响因子10+文章集锦 云序客户再发15分文章：FBW7靶向m6A结合蛋白YTHDF2抑制卵巢* Science新发现 |RNA以m6A依赖方式调节染色质状态和基因转录 m6A10分+文章思路干货视频 NatCommun | 云序客户揭示Mettl3协调**的生长和转移的分子机制 项目文章|m6A甲基化修饰对神经退行性疾病的重大发现 云序客户余健秀课题组m6A方向再次取得重大发现——SUMO化促进YTHDF2结合m6A修饰的mRNA影响**进展 一次RNA甲基化测序，多项成果|云序测序带您超高性价比体验 2020年整年度RNA甲基化文献汇总 9-11月 m6A RNA甲基化影响因子10+文章集锦 项目文章|Nature子刊m6A修饰携手miRNA揭示脱氧胆酸在胆囊*中作用机制 云序超微量MeRIP测序技术助力用户m6A甲基化文章连续发表 m1A多篇齐发：除了m6A，还有哪些热门RNA修饰？ 云序客户**成果揭秘：三个月内搞定5分m6A甲基化谱文章？ ac4C荣登Nature：RNA修饰研究大有可为 8月m6A RNA甲基化影响因子10+文章集锦 20分Nature子刊|揭秘神经发育过程中m6A RNA甲基化与组蛋白修饰间的关系 去甲基化酶ALKBH5在胰腺*中的作用荣登15分杂志 国自然热点—m6A等热门RNA修饰研究技术漫谈
1.MeRIP-qPCR的目的是什么？
首先我们需要明确的是，MeRIP-qPCR的目的是验证某个目标基因上的某个修饰位点（以一小段区域的形式，MeRIP法精确不到单碱基）的修饰水平。
得到的结果往往是一个%（IP/Input）的数值，它体现的是该位点的修饰水平（可以大致理解为：这个转录本表达了很多条，其中百分之多少是这个位点有修饰的？）需要与普通qPCR验证基因表达水平（可以大致理解为：这个转录本表达了多少条？）的目的区分开。
2.MeRIP-qPCR的实验方法？
MeRIP-qPCR就是MeRIP实验后进行一个qPCR。
这里的MeRIP实验同MeRIP-seq测序中的其实相同：对RNA进行片段化。然后每个样品一分为二，一部分片段用针对该修饰的特异性抗体与RN**段进行免疫共沉淀(IP)，留为IP样品，另一部分不进行IP直接留作Input样品。之后对两部分RN**段分别进行逆转录和qPCR。如果是测序，就是在这里把紧接的qPCR改为接建库测序。
3.MeRIP-qPCR引物如何设计？
由于目的是定量位点的修饰水平，因此MeRIP-qPCR的引物不*是针对目标基因，还要是针对其上的那个修饰位点（区域）。这个位点信息可以从：
（1）MeRIP-seq的测序结果中筛选得来
通常是一段位置坐标，比如云序生物提供的MeRIP-seq结果，某个甲基化峰位置如：chr1:111234-111567。有了这个位置信息，可以去UCSC genome browser网站:
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway选对应的基因组版本获取这段序列。
（2）网站预测得到
如果没有测序，想先通过MeRIP-qPCR看看关注的某基因上是否可能存在修饰，就只能预测一下发生修饰概率高的区域位置。通常这些网站是基于研究公认的该种修饰motif序列等进行预测，需要将目标RNA的序列输入，可生成预测结果。
m6A RNA甲基化预测网站：
http://www.cuilab.cn/sramp/
m5C RNA甲基化预测网站：
4.MeRIP-qPCR为什么没有内参基因？
（1）MeRIP-qPCR不需要内参来进行样本间的均一化矫正
从结果的形式%（IP/Input）我们也可以看到，这个实验侧重看修饰的片段（IP样品qPCR结果）占总片段（Input样品qPCR结果）的比例，实验目的只是要得到这两者的比值就体现修饰水平，因此MeRIP-qPCR不涉及到普通的相对定量qPCR需要的内参：
内参是衡量不同样品间表达量时用来均一化样品的，比如默认***DH在你的各个样本之间表达量应当相同，qPCR结果样品A中目的基因表达量1，***DH表达量10；样品B中目的基因表达量1.5，***DH表达量15，那么不能说因为1<1.5所以就说A样品目的基因表达量低，因为从***DH来看可能只是实验某环节中A样品的量整体少了一些而已。而是要看A中目的基因表达量是***DH的0.1倍，B也是0.1倍，两样品中目的基因表达量其实无差别。
换做MeRIP-qPCR中，如果针对目的基因目的位点qPCR，样品A的IP结果0.2，Input结果1；样品B的IP结果0.3，Input结果1.5，我们的%（IP/Input）结果显示两个样品甲基化水平数值都是0.2，修饰水平无差异，到此就完成了目的。
有人问那没有做内参，万一发生如上段提到的样品用量等环节有差异，会不会影响修饰水平的比较？显然，如果两个样品本来修饰水平相同，那么夸张地想，即使B样品用量由于手抖加了A的10倍，qPCR结果也会IP和Input信号都增长10倍，不影响这个比值即修饰水平。
前面第1点主要从多个样品比较的角度解释了MeRIP-qPCR为何不需要内参基因。
而有时出现以下情况：1）没有分组对比，只想看下这一个（组）样品中该基因算不算有修饰，此时有个疑问：结果的%（IP/Input）达到多少可算作有修饰？——回答是目前没有一个定值。那么此时难免会希望能有个已知有修饰的参考基因，我们的目的基因如果水平接近或者超过就算有修饰。2）想看看MeRIP实验体系有没有问题，做个已知有修饰的基因当阳性对照看看效果。然而RNA修饰是一个动态的可逆的酶促反应，在同个组织细胞中的水平可能都会随着环境千变万化，不同组织中更是差别很大，与普通qPCR检测基因表达时能找到稳定表达的看家基因不同，MeRIP-qPCR没有一个稳定修饰的基因做参照，目前RNA修饰文章也都不要求有这种参照。
针对上述目的1），可以同时多做一个非特异性IgG抗体的免疫沉淀富集，对比样品本身的IP和IgG是否有**差异，放在文章中作为该位点有一定程度的修饰的证据。
针对目的2），也可做IgG对照检测体系的特异性。除此之外，云序生物代理的 GenSeq m6A MeRIP试剂盒中除了提供了IgG抗体，还提供了一对m6A的阳参和一对阴参引物，是根据文献报道的，靶向 HEK293 细胞中 m6A 修饰的某段 RNA 区域（Positive Primers）和无 m6A 修饰的某段 RNA 区域（Negative Primers）， 供有条件且感兴趣的用户验证实验效率和抗体特异性。但如前面所说，m6A 修饰具有很强的细胞类型特异性，无法保证在任何细胞系或样品中，该引物都能作为很好的参照。因此，建议想对实验体系进行进一步自验证的用户，采用 HEK293 细胞的 RNA 进行验证实验。
5.MeRIP-qPCR不能看出基因表达量？
有人想：Input样品又没经过IP，qPCR操作不就与普通qPCR没什么差别，那么做了MeRIP-qPCR，不能得到基因表达量的结果吗？比如前面MeRIP-qPCR例子中A和B样品Input分别是1和1.5的结果可以用来看一下这个基因在两样品中的表达量有没有差异？——我们不知道，因为没有***DH等内参基因来计算，要看表达量的话就不知道1和1.5的差异是否是如前一段那样由于用量差异等因素带来的了。因此通常说起MeRIP-qPCR，结果不能用来体现基因表达量。
那如果在MeRIP-qPCR步骤中直接多扩增一个***DH基因，与目的基因Input联合在一起定量表达量是否可行？我们只能说可以参考，不过由于MeRIP实验是有片段化这一步骤的，PCR信号会弱一些，对于验证表达量的目的来说还是推荐采用常规的qPCR步骤会更准确、风险更小。
6.IP/Input/IgG傻傻分不清：我需要做哪些、如何展示？
前面1.和2.两个环节谈到过，IP是用该修饰的特异性抗体，通过免疫共沉淀富集带修饰的片段，Input是不进行富集的所有片段，这两个是MeRIP-qPCR必做的，每个样品分别做了这两部分的PCR结果合起来计算才能体现修饰水平，达到实验的目的。而IgG如4（2）提到，是用非特异性抗体，通过免疫共沉淀富集非特异性结合的片段，作为对IP的对照，证明IP的信号不是源自抗体非特异性和，而是确实是针对发生修饰的片段。IgG可以选做。MeRIP-qPCR结果通常用柱状图展示即可，常见的如以下3种情况：
（1）只做IP和Input：展示%（IP/Input）值
如果有两组样品，展示一个目的基因在两组的修饰水平。或者一组样品，展示多个基因的修饰水平差异，可以只做IP和Input，展示%（IP/Input）值。[1][2]
*为了便于直观体现组间的比较，有时会将所有%（IP/Input）数值统一除以**组样品或**个基因的%（IP/Input）数值，使柱状图中**组样品或**个基因的柱高是1，相当于全部以**组样品或**个基因为基准展示相对修饰水平。经这种处理后通常纵坐标会称为relative enrichment、relative level.[3][4]
如果为了严谨的证明实验体系没有问题，或者验证指标只有一个分组/一个基因但需要一个对照，可以同时多做一个IgG，结果展示%（IP/Input）和%（IgG/Input）两个柱子对照。[5][6]
（3）做IP、IgG和Input：展示Fold enrichment值（%（IP/Input）和%（IgG/Input）的比值）
如果做了IgG对照，还可以选择用Fold Enrichment来展示，富集倍数%(IP/Input)/%( IgG/Input)，即IP比对照的IgG信号高多少倍，也可以用来体现修饰的水平。通常是分组和基因都是多个时不想一一单独展示IgG。[7]
*以上图参考文献：
7.MeRIP-qPCR结果的计算？
MeRIP-qPCR结果计算如下表:
云序生物m6A修饰研究五大模块
01 m6ARNA修饰测序
m6A RNA修饰测序（m6A-meRIP-seq）
对m6A RNA甲基化，目前流行的检测手段为m6A-Seq技术，适用于m6A RNA甲基化谱研究，快速筛选m6A RNA甲基化靶基因。云序可提供mRNA和多种非编码RNA的m6A测序：
● m6A 全转录组测序（涵盖mRNA，LncRNA，circRNA）
● m6A LncRNA测序（涵盖LncRNA和mRNA）
● m6A Pri-miRNA测序（涵盖Pri-miRNA和mRNA）
● m6A mRNA测序
● m6A miRNA测序
02 检测整体m6ARNA修饰水平
LC-MS/MS检测整体RNA修饰水平
**高效，可以实现一次检测，9类修饰水平检测，一步到位。
比色法检测整体RNA修饰水平
快速检测m6A整体甲基化水平
03 m6A RNA修饰上游酶的筛选
m6A RNA修饰相关酶PCR芯片
寻找上游直接调控m6A RNA甲基化的甲基转移酶。
04 m6A RNA修饰靶基因验证
meRIP-qPCR
云序提供各类不同修饰的meRIP-qPCR服务，可针对mRNA，lncRNA，环状RNA等不同类型的RNA分子进行检测，低通量验证RNA修饰靶基因表达水平。
05机制互作研究
5.1 RIP-seq/qPCR
筛选或验证RNA修饰直接靶点，研究RNA修饰靶基因的调控机制。
5.2 RNA pull down -MS/WB
筛选或验证目标RNA互作基因或蛋白，研究相应的分子调控机制。
5.3 双荧光素酶实验
验证两基因互作，研究相应的分子调控机制。
5.4 ChIP-seq
筛选或验证目标蛋白与DNA互作，研究相应的分子调控机制。
云序生物服务优势
优势一：发表10分以上文章*多的m6A RNA甲基化测序服务平台。云序已累计支持客户发表52+篇高水平文章，合计影响因子450分+，是国内支持发文*多、累计影响因子**的公司。
优势二：至今完成4000+例 m6A测序样本，**覆盖医口、农口等各类样本。
优势三：**检测mRNA和各类非编码RNA（circRNA，lncRNA，Pri-miRNA等）。
优势四：**提供m6A一站式服务： m6A整体水平检测、 m6A测序、MeRIP-qPCR验证、 RIP和 RNA pull-down等。
优势五：率先研发超 微量MeRIP测序技术，RNA量低至500ng起。
优势六：国内*全的RNA修饰测序平台，提供m6A、m5C、m1A、m7G、m3C、O8G、ac4C乙酰化和2'-O-甲基化测序。
云序客户RNA修饰部分文章列表
相关产品
比色法/LC-MS检测整体m6A甲基化水平
RNA修饰相关酶PCR芯片
ATAC-seq
ChIP-seq
往期回顾
《Cell》新发现！m6A-MeRIP-seq技术揭示m6A 修饰新功能！
经典思路|云序客户circRNA+m6A案例教您快速发表5分文章
农口方向3个月内搞定5分文章秘籍——m6A热点错不了
上海云序生物科技有限公司
Shanghai Cloud-seq Biotech Co., Ltd
地址：上海市松江区莘砖公路518号18号楼2楼
网址：http://www.cloud-seq.com.cn
电话：021-64878766 邮箱：market@cloud-seq.com.cn
浏览器自带分享功能也很好用哦~ 公司新闻
相关新闻
2018国自然研究热点二： RNA甲基化研究深度剖析
2018-05-17 RNA甲基化修饰的相关研究可以说是当前整个生命科学领域热门的方向之一，亮点文章频出，着实让人有些目不暇接。RNA甲基化的研究近3月发表的文章影响因子为10分以上的，就有高达 17 篇。
环状RNA结合功能蛋白！找对方向20分文章水到渠成
2018-04-11环状RNA作为研究持续火热的明星分子，不同于对其丰富的表达谱研究，环状RNA功能机制研究还**处在起步阶段。环状RNA研究多为miRNA海绵机制，部分circRNA可竞争性结合miRNA，解除miRNA对靶基因的抑 制作用，上调靶基因的表达...
关于我们
未来，公司将致力于高通量技术在疾病预测、诊断、个性化医疗等方面的应用和开发，致力于为国内外科研和医疗用户提供先进的高通量检测系统解决方案。
技术平台
上海云序生物科技有限公司
关注我们
公众号 官网QQ
版权所有 © 上海云序生物科技有限公司
沪ICP备18035353号-1
选择区号
浏览器自带分享功能也很好用哦~
✔
复制成功
×