一文了解MET基因扩增检测

MET是NSCLC精准治疗的重要靶点之一。MET异常主要包括MET基因14外显子跳跃突变、MET扩增和c-MET蛋白过表达三种类型，其中MET扩增已成为NSCLC患者靶向药物耐药后治疗的重要分子标志物，如何准确检测MET扩增，以指导MET抑制剂治疗，是目前临床关注的重点。本期我们将着重介绍MET扩增，帮助大家更全面地了解MET扩增及其临床检测需求。

MET扩增是指MET基因的拷贝数（GCN）增加，包括多体（Polysomy）和局部扩增（Focal Amplification）两种形式（图1）。

MET多体和局部扩增两种形式都可能导至MET mRNA转录水平上调，增加c-MET蛋白表达^[1]。但相对于多体，局部扩增更容易成为驱动因素，使得c-MET蛋白表达升高、受体激活和下游信号通路活化^[2]。甚至亚洲胸部肿瘤研究组 (ATORG) 在关于NSCLC MET变异的专家共识中指出，多体不是致癌驱动因素^[3]。

MET扩增在多种实体肿瘤中均有发现，可作为原发性肿瘤驱动基因变异之一。其中，NSCLC中原发MET扩增的发生率为1-5%，与不良预后相关。另一方面，MET扩增更常继发于其他驱动基因（如EGFR、ALK）阳性的NSCLC患者靶向治疗后，是EGFR-TKI和ALK-TKI耐药的重要机制之一（图2）。当EGFR（或ALK）信号通路被EGFR-TKI（或ALK-TKI）抑制时，作为旁路信号途径，继发性MET扩增将绕过EGFR（或ALK），激活下游通路，从而导至耐药发生。

此外，MET扩增水平和MET抑制剂疗效呈正相关，即MET扩增水平越高，使用MET抑制剂效果越好（图3）。

目前MET扩增的检测方法主要包括原位杂交（FISH）和高通量测序（NGS）。

FISH通过荧光探针原位标记MET基因，可以直接借助显微镜观察单个肿瘤细胞中MET荧光信号的数量，荧光信号的数量即代表了MET基因的拷贝数；也可以通过标记MET基因和第7号染色体着丝粒（CEP7），计算肿瘤细胞中MET/CEP7比值。

FISH检测MET扩增尚无统一的判读标准，目前临床主要参考UCCC和Cappuzzo标准，通过MET GCN和MET/CEP7比值来进一步区分局部扩增和多体。当MET/CEP7≥2时，判断为局部扩增；当MET GCN≥5且MET/CEP7<2时，判断为多体（图4）。

NGS可根据测序深度和特定位点变异频率等信息，对检测到的MET基因拷贝数变异（CNV）进行计算。它还可以通过评估7号染色体上的其他基因（如MET相邻基因LINC01510和CAPZA2），以及其他染色体的测序深度和分布特征，来识别局部扩增和多体（图5）。

目前，通过NGS计算CNV来判断MET扩增尚无统一标准，定义MET扩增的阈值具有较大异质性，既往多项研究使用MET GCN > 3-5为阈值^[4-5]。鉴于NGS检测结果的准确性和临床用药的指导性，建议临床选用经国家药监局（NMPA）批准或经充分验证的NGS产品对MET扩增进行检测，且检测结果能够明确区分局部扩增和多体。

关于NGS与FISH检测肿瘤组织MET局部扩增的结果对比，既往研究也显示出了较高的一致性。

TATTON研究中，组织NGS与FISH检测MET局部扩增的阳性一致性高达88%^[6]。在今年的WCLC世界肺癌大会上，世和基因公布了一项与华西医院王业教授团队合作的研究成果：在中国NSCLC患者中，组织NGS与FISH检测MET扩增的总体一致性达83.6%；针对MET局部扩增，组织NGS检测的敏感性和特异性分别为78.6%和100%，与FISH检测的整体一致性高达94.6%^[7]。

由于NGS检测Panel和生物信息分析策略的不同，MET扩增检测结果的呈现形式也可能不同。目前大多数NGS报告中，MET扩增的结果是通过生物信息学分析得出的拷贝数变异（CNV），与FISH报告检测出的基因拷贝数（GCN）并非同一概念。

如图6所示，由于送检样本是肿瘤细胞和正常细胞的混合物，因此NGS检测分析得到的是混合物整体的CNV，不能直接作为肿瘤细胞平均的MET基因拷贝数用于临床参考。我们需要基于肿瘤细胞占比等信息换算成GCN^[8]。

FISH是检测MET扩增的金标准，但其只能检测肿瘤组织样本和单一变异类型。NGS的优势在于组织和液体样本均可检测，并可同时检测MET 14跳读等突变和融合等其他变异，且能实现多基因共检，最大化利用样本获得全面的基因变异信息，在临床实践中的应用越来越广泛。

2021版非小细胞肺癌分子病理检测临床实践指南推荐，当组织样本充足时，可考虑优先选择NGS检测。对于检测结果不能确定、有扩增信号但不典型或位于临界值时，可考虑使用FISH进行复测^[9]。组织样本不可及时，可考虑使用液体样本（如胸腹水、脑脊液、血液等）进行NGS检测（图7）。

作者：长也     审核：观音头       排版：Moro