纯属干货！预测miRNA靶基因互作的神器！

microRNAs（简称miRNA）是一类进化上高度守的小分子非编码RNA，miRNA长度大约22nt左右，具有转录后调控基因表达的功能。表达miRNA的基因可能位于功能基因编码区或非编码区，可成簇表达或独立表达。每个miRNA可以调控多个（甚至上百个）靶基因，而特定靶基因也可以同时被多个miRNA 调节。

一. miRNA生成过程

1．在细胞核内，基因组DNA 转录生成较长的pri-microRNA，长度从几百到几千个碱基不等，带有5‘帽子和3’polyA尾巴，以及1到数个发夹径环结构。

2. pri-microRNA被Drosha 酶切割形成长度大约70-100 碱基大小的、具发夹结构的pre-microRNA。

3. pre-miRNA被核输出蛋白exportin5 转运到细胞质，再被胞浆中的Dicer 酶切割形成19-23nt 大小的成熟的miRNAs 产物。

二. miRNA作用机制

miRNA作用机制主要表现为降解或抑制靶基因。miRNA5’端2-8个碱基被称为miRNA种子序列。通过种子序列与靶mRNA 的5'-UTR和3'-UTRˊ区实现。通过完全配对，降解mRNA抑制蛋白，qRT-PCR检测mRNA，WB检测蛋白都呈现明显的下调。通过部分配对，通过抑制翻译抑制蛋白，qRT-PCR检测mRNA没有变化，WB检测蛋白呈现明显下调。

三.如何预测miRNA靶基因

常用的microRNA数据库和预测软件非常多，下面以常用数据库为例，详细叙述预测microRNA与靶基因的互作的网站，希望对microRNA的研究者有所帮助。

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miRPathDB

数据库miRPathDB：可查询参与通路内调控的miRNAs，包含了人、鼠两类数据。不仅可以预测miRNA的靶基因，还可以通过GO、KEGG数据库预测其可能参与的信号通路。

网址:

(1) 以has-mir-21-5p为例,点击进入miRNA，输入has-mir-21-5p名称。

（2）点击进入后可以得到has-mir-21-5p预测的相关靶基因。靶基因列表支持下载，支持excel/csv/PDF等格式。

（3）继续下拉网页，可以看到has-mir-21-5p参与的通路调控以及相关靶基因。可以通过Database、Pathway对数据库以及通路进行筛选，也可以根据Evidence选择有实验验证的结果或者预测结果。

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Targetscan

数据库Targetscan,既可以查询miRNA的靶基因，又可以查询基因可能互作miRNA。

网址:

(1)选择查询物种，输入mir-21-5p名称。

（2）进入查询结果页面，可以看到预测的靶基因列表。同时，可以查询到miRNA与靶基因可能结合位点。

（3）点击进入靶基因ZNF367的结合位点Sitesin UTR，进入后可以看到与ZNF367可能互作的miRNA。

（4）同时下拉网页，可以得到详细的ZNF367与miRNA的详细互作情况。根据种子序列与UTR的结合碱基数目，又可分为保守性的结合与弱保守性的结合。

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