NGS在血液肿瘤中的应用及报告解读

基因突变：人类基因（DNA）是有一个个碱基（ATCG）组成，基因突变即是某一个基因的DNA分子中的碱基发生了替换，增加或者缺失等引起的基因结构的改变。

NGS称为二代测序，也称为高通量测序（HTS）或深度测序（DeepSequencing）或大规模平行测序（MPS）。NGS是对传统一代测序的一次革命性的改变，实现了“边合成边测序（SBS）”, 最显著的特点是通量高，单碱基测序成本低，一次运行可以对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定。

NGS流程

NGS在血液系统疾病中的应用

& 诊断分型（单基因突变的诊断作用）

CASE

女，73岁，Hb:79g/L，WBC正常，PLT:567×109/L。基因突变如下:

患者诊断：MDS？MPN? MDS/MPN?

分析

MDS基因突变谱

图片来源：CurrOpinHematol. 2017

MPN基因突变谱

图片来源：Blood.2017

MDS/MPN 疾病突变谱

图片来源：Cancer Biol Med 2016

综上分析：DNMT3A、ASXL1、RUNX1、BCOR基因突变等提示髓系血液肿瘤，SF3B1突变倾向MDS-RS，JAK2突变倾向MPN，此患者同时具备MDS和MPN特异性突变，故而基因突变谱提示患者诊断更像MDS/MPN-RARS-T，需结合相应检查结果和临床进行判断。

& 预后评估

急性髓系白血病的预后

MDS预后

TP53，EZH2，RUNX1，ASLX1，ETV6是MDS预后不良的独立危险因素

图片来源：Blood,2014

意义未明的克隆性造血（CHIP）和克隆性血细胞减少（CCUS）

图片来源：Blood. 2015

图片来源：CurrOpin Hematol.2017

DLBCL预后

BN2 型（ BCL6 易位和 Notch2 基因突变）

EZB 型（ EZH2 基因突变和Bcl2 易位）

MCD 型（ MYD88 L265P 突变和CD79B 突变）

N1 型（ NOTCH1 突变）

BN2 型及 EZB 型治疗反应较好（ 5 年 OS 分别为 68%、 65%）

MCD 型及 N1 型疗效不佳（ 5 年 OS 分别为 26%、 36%）

&用药指导

淋巴浆细胞淋巴瘤

图片来源：J Clin Oncol. 2017

用药指导 靶向药物选择

&临床应用-克隆演变

图片来源：Jan M etal. Oncogene 2012

NGS报告单解读

报告单内容：患者基本信息，检测方法、内容及局限性说明，检测结果及结果解析。

变异结果分级

三个等级的变异（Tier I、Tier II、Tier III）

1~血液肿瘤基因突变特点

& 血液肿瘤是多信号通路、多基因突变逐渐积累的结果，目前的检测手段能检测到的只是“冰山一角”；

& 不同的血液肿瘤之间的基因突变谱具有“共享”及“独有”的特点；

& 血液肿瘤患者在特定时间（初诊、缓解、复发等），基因突变谱是不同的；

&判断一个基因“好/坏”一定要放在疾病中判断。

2~多基因突变结果解读

&重点放在 I类和II类突变，III类突变不要过于纠结；

&当预后不良和预后良好的基因同时存在时，侧重预后不良基因突变的意义，比如FLT3-ITD，TP53；

&重点关注有靶药的基因突变；

&相同等级的基因突变，突变频率越高，越要重视。

3~突变频率的意义

根据突变频率高低，可以推断

&肿瘤克隆的大小，频率越高，代表的克隆越大；

&基因突变发生的先后顺序，初诊患者，频率越高，突变出现越早；

&疾病危险度，不良预后基因，频率越高，危险度越大；

&是否可能为胚系突变，当频率接近50%或100%时，要排除是胚系突变的可能。

4~关注胚系突变

&大部分的胚系突变是良性的，是多态性的；

&部分有遗传倾向的肿瘤致病性的基因（DDX41，CEBPA，TP53等），需要区分胚系突变和体细胞突变；

&对于需要自体移植的病人，必须确定是胚系突变还是体细胞突变；

&确定有致病意义的胚系突变，最好做家系位点检测，确定是遗传来的还是新生突变。

5~致病性突变会出现在正常人中

&有70多个血液肿瘤相关基因具有年龄依赖性突变，随人群年龄增加突变率越高，其中突变最多的依次是DNMT3A,TET2, ASXL1,TP53, JAK2, SF3B1, CBL, SRSF2, PPM1D以及BCOR；

&在正常人群（尤其是老年人，>70岁）中，DNMT3A、TET2以及ASXL1基因获得性突变普遍存在（~10%），并随着年龄增加突变率增加；

&这些体细胞突变引起个体克隆性造血但还没有发展为血液病，对血象的可能有影响也可能没有影响。

随着年龄增长的突变，图片来源：Blood2017

6~重点放在突变位点，而不是基因

&不是基因的所有突变都具有相同的意义；

&每个基因有不同的功能域，突变位点不同，突变形式不同，对蛋白功能影响不同，致病性不同，对预后及治疗影响不同；

&在分析测序结果的时候，需要根据已有指南、文献、数据库等标准来判断突变的等级划分。

以CSF3R基因为例，突变位置不同，靶向治疗不同

CSF3R的两个热点突变区域跨膜区（Exon14 ）和胞内区（Exon17）。

跨膜区突变：JAK激酶抑制剂 芦可替尼，胞内区的致病突变：SRC家族激酶抑制剂。

总结

& NGS在血液系统疾病中能发挥诊断、预后评估、治疗指导、克隆演变监测的作用；

& 报告单解读时要关注突变频率、基因突变数目，并且要注意排除是否为胚系突变；

& 正常人也可以检测到致病性基因突变（CHIP）；

& 要关注基因位点而不仅关注基因名称。

来源：浙二血液近期学术活动

学术支持：金域返回搜狐，查看更多